Il 61st Fighter Squadron venne costituito come 61st Pursuit Squadron, all'interno del 56th Pursuit Group a Savannah, Georgia, il 15 gennaio 1941. Lo squadrone ha iniziato immediatamente ad addestrarsi per le missioni di guerra entro il III Fighter Command, utilizzando via via gli aerei Seversky P-35, Curtiss P-36 Hawk, Bell P-39 Airacobra e Curtiss P-40 Warhawk. Il 7 dicembre 1941, il 61st fu impegnato nella difesa degli Stati Uniti SudOrientali in previsione di un possibile attacco aereo nemico, passò all'utilizzo dei Republic P-47 Thunderbolt e si preparò all'azione oltremare. Nel novembre del 1942, nel corso di esercitazioni agli attacchi in picchiata i piloti dei P-47 Thunderbolt raggiunsero una velocità di 725 mph (1.166,77 km/h), velocità superiore a quella del suono.
Il 15 maggio 1942 venne ridenominato 61st Fighter Squadron, e schierato alla base RAF Kings Cliffe (AAF-367), Inghilterra, nel 9 gennaio 1943. Venne dichiarato pronto alle azioni operative due mesi dopo, ed ebbe la prima missione di combattimento il 13 aprile. Allo squadrone venne assegnato il codice sulla fusoliera "HV" ed operò presso varie basi RAF durante la guerra, volando con i P-47C Thunderbolt come scorta alle unità di bombardieri del VIII Fighter Command, inizialmente i B-17 Flying Fortresses ed, a partire dal 1944, i B-24 Liberators che attaccavano obiettivi nemici nell'Europa occupata. Dal 1943 al 1945, il 61st produsse 19 assi, il maggior numero di qualsiasi altro squadrone in Europa, distruggendo 248 aerei in combattimento e 67.5 al suolo. Nel 1944, venne riconosciuto come il primo squadrone caccia nel teatro di guerra europeo ad aver ottenuto oltre 100 vittorie. Alla fine della guerra, in Europa, lo squadrone è stato smobilitato in Inghilterra e fu disattivato come unità amministrativa il 18 ottobre 1945.
Riattivato dopo alcuni anni, il 61st Fighter Squadron è oggi una forza attiva della United States Air Force, assegnato al 56th Operations Group, presso la Luke Air Force Base, Arizona. Utilizza i F-35 Lightning II , conduce addestramento ai piloti.
Il 61st, è conosciuto come i 'Top Dogs'.